В 1995 году музей приобрел у известного краеведа Виктора Григорьевича Полоухина набор из нескольких серий фотографий, изображающих Владивосток в различные периоды его существования и людей, живших здесь. В настоящее время одна из этих серий подготовлена для развертывания в выставку.

В 1990-х —  2000 годах сотрудники музея участвовали в археологических экспедициях, проводившихся Институтом истории, археологии и этнографии народов Дальнего Востока ДВО РАН. Наряду с основными обязанностями проводился сбор подъемного материала, не относящегося к тематике основных исследований, а также приобретались предметы старины у местного населения. Кроме того, были осмотрены оборонительные сооружения бывшей Николаевской-на-Амуре крепости, проведена фотофиксация и составлены обмерные чертежи. Полученные материалы дали основу тематической выставке, 17 февраля 2026 года открытой в зале № 3 музея.

В связи с переносом материалов, касающихся Николаевской-на-Амуре крепости на новую выставку, в освободившуюся витрину были помещены экспонаты, ранее хранившиеся в фондах

Завершена работа по оцифровке огромного количества документов, фотографий, негативов, слайдов, газетных вырезок по различным темам и чертежей сооружений крепости. После составления подробного каталога он будет выложен на сайте